A Assembleia de Sócios é o órgão que decide a linha da associação. Sua função está descrita no artigo 12 do Estatuto da Apei.  A Assembleia é convocada ordinariamente uma vez por ano para aprovação do orçamento final e estimado ou extraordinariamente se solicitado por dois terços das presidências regional, provincial e municipal.  Todos os membros em dia com as taxas de adesão participam na Assembleia Nacional. Não há procurações.  Todos os membros têm o direito de votar, também através dos métodos de votação eletrônica, que são regulamentados periodicamente pelo Conselho Nacional. A participação dos associados também pode ocorrer por videoconferência.